综合费用纳税主要涉及个人所得税的计算，具体方法如下：
居民个人的综合所得
以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
非居民个人的所得
工资、薪金所得：以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额。
劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得：以每次收入额为应纳税所得额。
劳务报酬所得的预扣预缴
劳务报酬所得在预扣预缴个人所得税时，可以减除20%的费用。
每次收入不超过4000元的，减除费用按800元计算；每次收入4000元以上的，减除费用按收入的20%计算。
综合所得的汇算清缴
居民个人取得劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得，按纳税年度合并计算个人所得税，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。
非居民个人按月或者按次分项计算个人所得税。
示例计算
假设某居民个人在一年内的综合所得为100万元，其中工资薪金所得为80万元，劳务报酬所得为10万元，稿酬所得为5万元，特许权使用费所得为5万元。
累计预扣预缴应纳税所得额
累计收入：100万元
累计免税收入：0万元
累计减除费用：6万元
累计专项扣除：0万元
累计专项附加扣除：0万元
累计依法确定的其他扣除：0万元
累计预扣预缴应纳税所得额 = 100万元 - 6万元 = 94万元
本期应预扣预缴税额
预扣率：10%
速算扣除数：2520元
累计减免税额：0万元
累计已预扣预缴税额：0万元
本期应预扣预缴税额 = （94万元 × 10% - 2520元） = 9400元 - 2520元 = 6880元
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