在夫妻离婚且有两个孩子的情况下，法院的判决主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，并综合考虑以下因素：
孩子的年龄
两周岁以下的子女：原则上判给女方抚养，但如果女方存在重大疾病、传染病或其他不利于孩子成长的情况，孩子也可以跟随男方。
两周岁到八周岁之间的子女：法院会按照有利于子女成长的原则进行判决。
八周岁以上的子女：法院会尊重孩子的真实意愿。
夫妻双方的抚养能力和经济条件：
法院会综合考虑双方的抚养能力、经济能力等因素，以确定哪一方更有利于孩子的成长。
孩子的性别和生活习惯：
孩子的性别和生活习惯也会被考虑在内，以确保孩子的最大利益。
其他特殊情况：
如果一方能够证明另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活，那么两个孩子可能均由一方抚养。
示例
假设一对夫妻离婚，他们有两个孩子，一个五岁，一个十岁。如果双方不能就抚养问题达成一致，法院可能会判决如下：
五岁的孩子：由于五岁的孩子跟爸爸生活的时间更长，改变生活环境可能对他不利，且爸爸的经济条件更好，能提供更好的物质生活和教育环境，因此法院可能会判决爸爸抚养五岁的孩子。
十岁的孩子：由于十岁的孩子已经接近成年，法院会尊重他的真实意愿。如果孩子自己更愿意跟妈妈生活，那么法院可能会判决妈妈抚养十岁的孩子。
建议
在离婚案件中，夫妻双方应尽量通过协商达成一致，以减少对孩子的伤害。如果协商无果，建议寻求专业律师的帮助，以确保孩子的最大利益得到保障。
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