软件退税的负责部门是 税务机关。具体操作是税款入库之后由纳税人申请，经过审核后可以退税。必须是一般纳税人，销售软件产品必须取得《软件产品登记证书》或《计算机软件著作权登记证书》，并且需要先办理软件产品即征即退备案。
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